Les demandes des différents responsables à l’intérieur de l’établissement peuvent conduire à construire une nomenclature complexe.
Toutefois une imputation extrêmement fine de chaque dépense ou recette n’est pas toujours pertinente et a un coût en temps passé en codification et en saisie.
Il est donc bon, surtout pour le premier exercice, de se limiter à un découpage simple et de lister les besoins prioritaires (exemple : tableaux demandés par des partenaires de l’établissement (région ....), tableaux devant guider des décisions importantes au sein de l’établissement).
Un dossier spécial est ouvert dans la conférence Cocwinelle pour le dialogue autour du budget de gestion dans le technique. Il est destiné non seulement aux questions techniques, mais aussi à des échanges entre gestionnaires.
Avant de mettre en place le BG, il faut se poser plusieurs questions :
Périmètre de mise en oeuvre :
Le budget de gestion peut être mis en oeuvre centre par centre.
Exemple : Si le besoin n’existe qu’au CFA, l'ordonnateur ne rendra le BG obligatoire que pour ce centre. Le BG du lycée et du CFPPA restera inactif.
C'est l'ordonnateur qui modifie la fiche du centre concerné pour la gestion du BG : module Utilitaires 
, puis Paramétrage, Centre Constitutif 
.
Prévisions :
Les prévisions du BG sont facultatives.
Aucun lien informatique n'existe entre le BG et le budget comptable.
On peut envisager, la première année, de ne faire qu’une collecte des réalisations (pas de prévisions), et d'élaborer des prévisions pour la deuxième année, à partir des résultats de la première.
On peut aussi choisir, si on utilise les destinations, de n’avoir qu’une vue plus globale sur les comptes (à 1 ou deux chiffres par exemple).
Les prévisions du BG peuvent être modifiées à tout moment. Contrairement au budget comptable de l’établissement, elles ne font l’objet d’aucun circuit de validation.
La synthèse des réalisations se fait toujours au niveau 4 des comptes, quel que soit le niveau choisi pour les prévisions.
Saisie des engagements et des liquidations :
Le centre effectuant cette saisie doit savoir sur quels centres de responsabilité (CR) et quelles destinations faire l’imputation. Le responsable doit donc indiquer cette imputation pour chaque pièce.
En cas d’imputations multiples, la saisie est alourdie, ce qui augmente la charge de travail et peut être source d’erreurs.
L'ordonnateur peut cocher l'option : Liquider uniquement sur les prévisions du budget de gestion sur la fiche d'un centre. Dans ce cas, à la saisie des imputations sur le BG, le centre ne peut choisir que les destinations associées dans les prévisions au CR sélectionné. Cela facilite la saisie et évite les erreurs mais impose une gestion exhaustive des prévisions.
Clés de répartition :
Si on utilise une ventilation par destination, par exemple par formations pour un CFA ou un CFPPA, il y a deux approches pour les dépenses communes telles que l’EDF ou le papier de photocopieuse :
ventiler chaque facture avec des clés de répartition, ce qui alourdit la saisie, et oblige à corriger chaque pièce en cas de réajustement de la clé de répartition,
créer une destination « non réparti » ou « services communs », et y imputer ces factures communes en totalité. C’est lors de l’analyse à posteriori des résultats que l'on fait la répartition en grandes masses. Ces répartitions ne se font pas dans Cocwinelle, mais avec un tableur comme Excel .
Organisation :
Les acteurs (responsables, centres) doivent maîtriser les codifications du BG.
Les centres concernés devront imputer chaque dépense et recette sur le BG. Cela demande que l'ordonnateur fournisse à ces centres l’imputation (unique ou multiple) de chaque pièce.